空印案

明朝时每年各个布政使司下属府州县都需派出审计官吏前往京师户部，核对其所在衙门缴纳中央官府的钱粮、军需事宜。所有账目必须和户部审核后完全相符方能结算。若其中有任何一项不符就必须驳回重新造册，且须再盖上原地方机关大印才算完成。因当时交通并不发达，往来路途遥远，如果需要发回重造势必耽误相当多的时间，所以前往户部审核的官员都备有事先盖过印信的空白书册以备使用。

钱粮在运输过程中会有损耗，所以从运送一直到户部接收时的数字一定不会相符，在路上到底损耗了多少，官员们无法事先预知，只有到了户部将要申报之时才能知道其中的差额，所以派京官员都习惯用空印文书在京城才填写实际的数目。此案爆发后，在当时受到朱元璋相当程度的重视，并因此诛杀数百名相关官员。本案实为一个冤案，然而其影响之广，范围之大，实属罕见。

胡惟庸案

胡惟庸案发生在洪武十三年（1380年），它是指洪武帝诛杀宰相胡惟庸事件，随后大肆株连杀戮功臣宿将，此案牵连甚广。胡惟庸被杀，朱元璋罢左右丞相，废除中书省，其事由六部分理，从此中国再无宰相一职。（君主专制集权需要）洪武六年（1373年），淮西朋党集团的领袖李善长推荐其同乡兼姻亲胡惟庸担任右丞相。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相。他做了7年丞相，任期内在朝中遍植朋党，不遗余力地打击异己，使得淮西朋党集团的势力不断膨胀（作死，威胁到皇权了）。洪武十三年（1380年）正月，涂节自首上告胡惟庸谋反（自己也被杀）。明太祖随即下令逮捕胡惟庸、陈宁和涂节等人，并以“枉法诬贤”“擅权枉法”“蠹害政治”罪加以处死。

胡惟庸被杀后，此案并未了结，他的罪名也在不断升级。开始只是说胡惟庸“擅权植党”，后来，又加上了“通倭”、“通虏”和“谋反”等罪名（何患无辞）并不断牵连、扩大化。该案的同谋犯越查越多，牵涉的面也越来越广，株连蔓引，持续了数年也未能了结，牵连致死的人数以万计！

郭恒案

洪武十八年（1385年），朱元璋怀疑北平承宣布政使司、提刑按察使司的官吏李彧、赵全德伙同户部侍郎郭桓等人共同舞弊，吞盗官粮，于是下旨查办。洪武十八年（1385年）三月，御史余敏、丁廷举告发户部侍郎郭桓利用职权，勾结北平承宣布政使司、提刑按察使司官吏李彧、按察使司官吏赵全德、胡益、王道亨等，私吞太平、镇江等府的赋税外，还私分了浙西的秋粮，并且巧立名目，征收了多种水脚钱、口食钱、库子钱、神佛钱等的赋税，中饱私囊（贪得无厌，该杀）。朱元璋令审刑司拷讯，此案牵连全国的十二个布政司，牵涉礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志、工部侍郎麦至德等。总计一共损失精粮两千四百万担，“自六部左、右侍郎以下，赃七百万，词连直、省诸官吏，系死者数万人”“核赃所寄借遍天下，民中人之家大抵皆破”

蓝玉案

蓝玉案发生在洪武二十六年（1393年），是明太祖朱元璋借口凉国公蓝玉谋反，株连杀戮功臣宿将的重大政治案件。朱元璋借蓝玉案彻底铲除了将权对君权的潜在威胁，将军权牢牢地控制在自己手中。

洪武二十六年（1393年），朱元璋以谋反的罪名诛杀了大将军蓝玉，而蓝玉是洪武时期的主要将领之一。洪武二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，朱元璋就将他处斩（剥皮实草，传知天下），并族诛了三族。平时与蓝玉有关系莫逆的许多将校，也都被定位“逆党”，遭到了抄家灭族的下场。当时因这个案件而被诛杀者多达1.5万人，军中的骁勇将领差不多都被杀戮殆尽（直接导致建文帝后来在靖难之役无人可用）。